水ごねと湯ごねの違いは、蕎麦をつなげるのにタンパク質とでんぷんのどちらを利用するかというところにあります。

小麦のタンパク成分は水を加えることで、グルテンを形成し強い粘着性を発揮するようになります。逆に、お湯を加えてしまうと凝固してしまい粘性を引き出すことはできません。そのため、そば粉のつなぎに使用されている小麦粉の量が多い場合は水ごねが適していると言えます。

ただ、そば粉にはグルテンがなく、わずかなタンパク成分があるだけなので、小麦粉の割合が少ないとつなげるのが難しいとされています。それに対し、湯ごねはそば粉のでんぷんを利用し、粘性を引き出すため、小麦粉が少ないそば粉でもつなげやすくなります。

ただし、湯ごねは湯を注いだ時に香りが一気に立ち、発散するので、蕎麦の香りを減らしてしまうことになります。その為、水ごねが一般的になっています。